Đại biểu Tô Ái Vang lo lắng khi doanh nghiệp mua hàng từ người nông dân thường lập bảng kê để hạch toán chi phí. Việc kiểm soát hợp lý, hợp lệ của các bảng kê này cũng là một thách thức trong quản lý thuế, dễ dẫn đến rủi ro mua bán hóa đơn bất hợp pháp.
Chính phủ đề xuất nâng ngưỡng không chịu thuế với hộ kinh doanh lên 500 triệu đồng/năm. Dự kiến sẽ có khoảng 2,3 triệu hộ kinh doanh không phải nộp thuế (chiếm khoảng 90% trên tổng số 2,54 triệu hộ kinh doanh), tổng số thuế giảm (bao gồm cả thuế TNCN và thuế VAT) khoảng 11.800 tỷ đồng.
Bộ Tài chính đề xuất doanh nghiệp, hợp tác xã mua sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường không phải kê khai, tính nộp thuế VAT nhưng được khấu trừ thuế VAT đầu vào.