Người lao động ủy quyền quyết toán thuế TNCN nhưng có phát sinh nghĩa vụ thuế thì doanh nghiệp bị phạt chậm nộp không?

Hỏi:

Hàng năm, doanh nghiệp thực hiện tạm ứng và nộp thuế TNCN thay cho người lao động. Đến kỳ quyết toán, căn cứ vào số thuế TNCN phải nộp thực tế của từng cá nhân, doanh nghiệp mới tiến hành thu lại số tiền tương ứng từ người lao động. Đối với phần thuế đã tạm nộp thừa, doanh nghiệp không thực hiện hoàn thuế mà để tại cơ quan thuế để bù trừ vào các kỳ sau. Trong quá trình thực hiện phát sinh các vướng mắc sau: Người lao động đã ủy quyền cho doanh nghiệp quyết toán thuế thay, sau khi thực hiện quyết toán, phát hiện cá nhân đó không thuộc đối tượng được ủy quyền (do có số thuế phải nộp thêm).  Trong trường hợp này, doanh nghiệp có phải điều chỉnh, nộp lại tờ khai quyết toán thuế TNCN hay không?

Trường hợp nêu trên, doanh nghiệp thực hiện cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN để cá nhân tự quyết toán. Khi lập chứng từ khấu trừ thuế, doanh nghiệp cần ghi nhận: Số thuế đã khấu trừ/tạm nộp trong năm; hay Số thuế thực tế người lao động đã nộp sau khi quyết toán?

Thực tế, doanh nghiệp gặp khó khăn trong việc xác định nghĩa vụ thuế của người lao động do không nắm đầy đủ các khoản thu nhập phát sinh ngoài doanh nghiệp. Điều này dẫn đến rủi ro khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra và xác định nghĩa vụ thuế khác với số doanh nghiệp đã tạm nộp, mặc dù doanh nghiệp có thể đang trong trạng thái nộp thừa. Kính đề nghị cơ quan chức năng hướng dẫn rõ trách nhiệm của doanh nghiệp trong trường hợp này, cũng như căn cứ xác định việc chậm nộp (nếu có). Đối với cá nhân đã ủy quyền quyết toán qua doanh nghiệp nhưng sau đó phải tự quyết toán lại: Hiện nay trên ứng dụng eTax Mobile chưa hỗ trợ chức năng quyết toán lại đối với các trường hợp này. Vậy cá nhân có phải trực tiếp đến cơ quan thuế để thực hiện quyết toán hay có phương thức nào khác theo quy định?

Trả lời:

1. Tại văn bản số 1296/CT-NVT ngày 04/3/2026 của Cục Thuế v/v hướng dẫn quyết toán thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công có hướng dẫn:

“Cá nhân sau khi đã ủy quyền quyết toán thuế, tổ chức trả thu nhập đã thực hiện quyết toán thuế thay cho cá nhân, nếu phát hiện cá nhân thuộc diện trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế thì tổ chức trả thu nhập không được chứng từ khấu trừ thuế TNCN của tổ chức trả thu nhập, chỉ cấp chứng từ khấu trừ thuế cho cá nhân theo số quyết toán và ghi vào góc dưới bên trái của chứng từ khấu trừ thuế nội dung: “Công ty… đã quyết toán thuế TNCN thay cho Ông/Bà … (theo ủy quyền) tại đồng (số thứ tự)… của Phụ lục Bảng kê 05-1/BK-TNCN” để cá nhân trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế. Trường hợp tổ chức, cá nhân trả thu nhập sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử thì in chuyển đổi từ chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử gốc và ghi nội dung nêu trên vào bản in chuyển đổi để cung cấp cho người nộp thuế.”

2. Trách nhiệm của tổ chức, cá nhân trả thu nhập và cá nhân uỷ quyền quyết toán

- Căn cứ Điều 24 Luật Thuế thu nhập cá nhân (được sửa đổi, bổ sung):

“Điều 24. Trách nhiệm của tổ chức, cá nhân trả thu nhập và trách nhiệm của đối tượng nộp thuế là cá nhân cư trú

Trách nhiệm kê khai, khấu trừ, nộp thuế, quyết toán thuế được quy định như sau:

a) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập có trách nhiệm kê khai, khấu trừ, nộp thuế vào ngân sách nhà nước và quyết toán thuế đối với các loại thu nhập chịu thuế cho đối tượng nộp thuế;

b) Cá nhân có thu nhập chịu thuế có trách nhiệm kê khai, nộp thuế vào ngân sách nhà nước và quyết toán thuế theo quy định của pháp luật.…”Căn cứ Điều 25 Thông tư 111/2013/TT-BTC ngày 15/8/2013 của Bộ Tài chính quy định:

“Điều 25. Khấu trừ thuế và chứng từ khấu trừ thuế

1. Khấu từ thuế

Khấu trừ thuế là việc tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện tính trừ số thuế phải nộp vào thu nhập của người nộp thuế trước khi trả thu nhập,...”

- Căn cứ Công văn số 828/TCT-KK ngày 25/02/2025 của Tổng cục Thuế (nay là Cục Thuế) và công văn 5435/CT-NVT ngày 21/11/2025 của Cục Thuế liên quan đến cung cấp thông tin số thuế TNCN tổ chức trả thu nhập đã nộp thay cho cá nhân;

- Căn cứ điểm d, Khoản 6, Điều 8, Nghị định 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định:

“d.1) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công có trách nhiệm khai quyết toán thuế TNCN không phân biệt có phát sinh khấu trừ thuế hay không phát sinh khấu trừ thuế và quyết toán thuế TNCN thay cho cá nhân có ủy quyền. d.2) Cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công ký hợp đồng lao động từ 03 tháng trở lên tại một nơi và thực tế đang làm việc tại đó vào thời điểm tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện việc quyết toán thuế, kể cả trường hợp không làm việc đủ 12 tháng trong năm. Trường hợp cá nhân là người lao động được điều chuyển từ tổ chức cũ đến tổ chức mới theo quy định tại điểm d.1 khoản này thì cá nhân được ủy quyền quyết toán thuế cho tổ chức mới.”

Trường hợp cá nhân có thu nhập ủy quyền cho tổ chức trả thu nhập quyết toán thay thì cá nhân lập Giấy ủy quyền quyết toán thuế thu nhập cá nhân theo mẫu số 08/UQ-QTT-TNCN ban hành kèm theo Phụ lục II Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính. Theo đó người nộp thuế là cá nhân nộp thay thu nhập từ tiền lương, tiền công cam kết chịu trách nhiệm nếu không thuộc trường hợp được ủy quyền quyết toán.

Căn cứ quy định nêu trên, tổ chức trả thu nhập có trách nhiệm khấu trừ thuế trước khi trả thu nhập cho người nộp thuế. Số thuế khấu trừ trong năm đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công không phụ thuộc vào việc cá nhân có ủy quyền quyết toán cho tổ chức trả thu nhập.

Qua kiểm tra nếu phát hiện cá nhân không thuộc trường hợp được ủy quyền quyết toán thì cá nhân chịu hoàn toàn trách nhiệm theo Giấy ủy quyền quyết toán thuế thu nhập cá nhân; cơ quan chi trả phối hợp với cơ quan có thẩm quyền trong việc đôn đốc cá nhân thực hiện nghĩa vụ theo quy định.

3. Hình thức nộp hồ sơ quyết toán thuế đối với trường hợp cá nhân tự quyết toán với cơ quan thuế:

Cá nhân có thể thực hiện quyết toán thông qua các hệ thống sau:

+ Hệ thống Thông tin giải quyết thủ tục hành chính Cục Thuế - Bộ Tài chính: https://thuvien.gdt.gov.vn/thc/home/login

+ Ứng dụng eTax Mobile

+ Cổng Dịch vụ công Quốc gia

Đối với trường hợp cá nhân đã ủy quyền quyết toán thuế nhưng không thuộc trường hợp được ủy quyền, không nộp được hồ sơ qua ứng dụng eTax Mobile, cá nhân có thể thao tác qua Hệ thống Thông tin giải quyết thủ tục hành chính Cục Thuế - Bộ Tài chính hoặc Cổng Dịch vụ công Quốc gia.

(Người nộp thuế tham khảo hướng dẫn tại văn bản số 1296/CT-NVT ngày 04/3/2026 của Cục Thuế v/v hướng dẫn quyết toán thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công để thực hiện).